Stromy a rostliny
Větší část národní přírodní památky (NPP) Babiččino údolí pokrývají smrkové lesy. Místy jsou v nich přimíšeny modřín evropský, borovice vejmutovka a listnaté druhy dřevin. Ze zbytků přirozených porostů je možno usuzovat, že na stráních údolí převládala svahová lesní společenstva lipových javořin, dubové habřiny a květnaté nebo kyselé bučiny. Na svazích v jižní části národní přírodní památky se dosud zachovaly dubohabrové háje a v lužních polohách druhově málo přeměněné doubravy. Vedle dubu letního se v nich ve velké míře uplatňuje jasan ztepilý.
Naučná stezka prochází v těchto místech horní částí dvou původních lesních společenstev na svahových jílovitohlinitých uloženinách. První z nich, lipová javořina, se rozkládá na západním svahu ve výšce 300–360 m n. m. Za křižovatkou značených turistických cest pokračuje pěšina vlhčí jasanovou javořinou na příkrých stráních nad řekou v okolí rýzmburského altánu v nadmořské výšce 300–340 m n. m.
Ve stromovém patře lipové javořiny roste lípa velkolistá, buk lesní, javor klen, přimíšen je jilm drsný a smrk ztepilý. Ve stromovém patře jasanové javořiny převládají jasan ztepilý, javor klen a jilm drsný, přimíšeny jsou javor mléč a olše lepkavá. V keřovém patře je nejvíce rozšířen bez černý. Stáří stromů je u obou společenstev 150–170 let, průměrná výška stromového patra 30 metrů.
Vlivem pestré geologické stavby, různorodých půdních poměrů a značně členitého terénu se prolíná v Babiččině údolí drsné podhorské podnebí s teplotně mírnějším podnebím polabské roviny. Na lokality bohaté na slínovce pronikají z jihu svými nejsevernějšími výběžky teplomilné hajní a stepní druhy vápnomilné květeny: zapalice žluťuchovitá, dymnivka dutá, tolita lékařská, dobromysl obecná, řepík lékařský, šalvěj luční, růže galská, oman vrbolistý a válečka prapořitá. Více k severu, ve stinných a vlhkých roklích a na chladných zalesněných svazích při řece Úpě, se vyskytují podhorské druhy sudetské květeny, např. devětsil bílý, kokořík přeslenitý, udatna lesní, měsíčnice vytrvalá, věsenka nachová, čarovník alpský, kakost lesní, vrbina hajní a hnilák smrkový. Horské druhy, žluťuchu orlíčkolistou, kýchavici bílou Lobelovu a prhu arniku splavuje řeka Úpa z Krkonoš.
Vlhké skály a břehy lesních porostů jsou bohaté na kapraďorosty: kapraď samec, kapraď rozložená, papratka samice, puchýřník křehký, osladič obecný, kapradina hrálovitá, plavuň pučivá a vranec jedlový.
V Babiččině údolí roste řada rostlin chráněných, některé rostliny se zde vyskytují vzácně, jiné jsou ohroženy. Není proto dovoleno rostliny v NPP trhat, vykopávat ani jinak ničit.